장모님께서 차상위계층이시더라도, 질문자님께서 연말정산 시 부양가족으로 등록하신다고 해서 장모님의 차상위계층 혜택이 소멸되지는 않습니다.
연말정산에서의 부양가족 등록은 질문자님의 소득공제와 관련된 사항이며, 장모님의 차상위계층 자격과는 별개의 문제입니다. 따라서 장모님께서 차상위계층 자격 요건을 계속 충족하신다면, 부양가족 등록 여부와 관계없이 해당 혜택을 유지하실 수 있습니다.
다만, 연말정산 시 부양가족으로 등록하기 위해서는 소득 요건 등 일정한 기준을 충족해야 합니다. 일반적으로 연간 소득금액이 100만원 이하(근로소득만 있는 경우 총급여 500만원 이하)여야 하며, 본인과의 관계 및 동거 여부 등도 고려됩니다. 장모님께서 이러한 요건을 충족하신다면 부양가족으로 등록하여 인적공제 혜택을 받으실 수 있습니다.