동업기업 과세특례를 적용받기 위해서는 해당 과세연도 개시일 이전에 신청해야 합니다. 만약 기업을 새로 설립하는 경우라면, 설립일이 속하는 과세연도의 개시일부터 1개월 이내에 신청할 수 있습니다.
신청 시에는 동업자 전원의 동의서와 함께 동업기업과세특례 적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 외국 단체의 경우, 법령으로 정하는 기준에 해당하는 증빙 서류를 함께 제출해야 합니다.
동업기업과세특례는 한번 신청하여 적용받으면, 포기 신청을 하지 않는 한 5년간 계속 적용됩니다.