개인사업자가 타 회사에 입사하여 직장가입자가 되더라도, 개인사업자로서의 소득에 대한 세금은 별도로 신고 및 납부해야 합니다. 직장가입자로서 납부하는 세금은 근로소득에 대한 것이며, 개인사업자로서 발생하는 사업소득은 종합소득세 신고 시 합산하여 신고하게 됩니다.
즉, 직장 연봉과 개인사업자 소득이 합산되어 세금이 부과되는 것은 아니지만, 두 소득을 합산하여 종합소득세 신고를 해야 합니다. 이 경우, 사업소득이 있는 경우 건강보험료가 추가로 부과될 수 있습니다. 다만, 국민연금과 고용보험은 직장에서 원천징수되는 것 외에 추가적인 부담은 없습니다.