연금저축계좌에서 발생한 운용수익은 연금 형태로 수령할 때 연금소득으로 과세됩니다. 이때, 연금소득이 연간 1,200만 원을 초과하는 경우 종합과세 대상이 될 수 있습니다. 다만, 세액공제를 받지 않은 납입금액과 이연퇴직소득은 과세 대상에서 제외됩니다.
연금 외의 형태로 수령하는 경우에는 기타소득으로 과세되며, 금액에 상관없이 원천징수로 과세가 종결되는 분리과세 대상입니다. 단, 사망, 해외이주 등 부득이한 사유가 있는 경우에는 연금소득으로 과세됩니다.