국가, 지방자치단체, 금융기관 등이 조세특례제한법상 중견기업으로 분류되지 않는 경우, 해당 기관들은 중견기업에 적용되는 다양한 세제 혜택에서 배제됩니다. 이는 주로 투자 및 연구개발 활동과 관련된 세액공제에서 불리하게 작용할 수 있습니다.
예를 들어, 통합투자세액공제에서 중견기업에 적용되는 일반 투자세액공제율(3%)이나 신성장·원천기술 투자세액공제율(6%) 등을 적용받지 못하게 됩니다. 또한, 연구 및 인력개발비 세액공제 시 우대받는 중견기업 요건(중소기업이 아닐 것, 특정 소비성 서비스업 등을 영위하지 않을 것, 소유와 경영의 실질적 독립성 충족, 직전 3년 평균 매출액 5천억원 미만 등)을 충족하더라도 중견기업으로 인정받지 못하면 해당 세제 혜택에서 제외될 수 있습니다.
결과적으로 이러한 기관들은 투자나 연구개발 활동에 대해 중견기업으로서 받을 수 있었던 세제상 이점을 누리지 못하게 되어 재정적인 부담이 증가할 수 있습니다. 다만, 이러한 기관들은 법령에 따라 중견기업으로 분류되지 않더라도 다른 법규에 따른 별도의 지원이나 혜택이 있을 수 있습니다.