과소신고금액에 대해 특정 조항(예: 제6조, 제7조, 제12조 등)에 따른 감면을 적용하지 않는다는 내용이 조세특례제한법 제128조 제3항과 관련이 있나요?

네, 조세특례제한법 제128조 제3항은 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우, 대통령령으로 정하는 과소신고금액에 대하여 특정 조항(예: 제6조, 제7조, 제12조 등)에 따른 감면을 적용하지 않는다는 내용을 담고 있습니다.

이는 과세관청이 경정을 하는 경우, 과소신고금액에 대해서는 중소기업에 대한 특별세액감면(제7조) 등을 적용받을 수 없다는 것을 의미합니다. 다만, 수정신고를 하는 경우에는 과소신고금액에 대해서도 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용받을 수 있는 경우가 있습니다. 관련하여 국세청 예규(서일 46011-10120, 2003. 1. 29.)에서는 수입금액 누락은 과소신고소득에 해당하여 감면이 배제될 수 있다고 보았습니다.