적격합병으로 간주되는 모자회사 간 합병의 경우, 모회사가 자회사의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있어야 합니다. 이는 대표 개인이 아닌 법인인 모회사가 자회사의 지분을 100% 보유하고 있는 경우를 의미합니다. 또한, 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간의 합병도 적격합병으로 간주될 수 있습니다.
이러한 모자회사 간 합병 또는 완전자회사 간 합병은 법인세법 제44조 제2항의 적격합병 요건을 충족하지 못하더라도 사업의 계속성을 존중하여 적격합병으로 간주됩니다. 다만, 모회사와 손자회사 간의 합병은 적격합병으로 보지 않습니다.
적격합병으로 간주되는 경우, 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계받게 되며, 장부가액과 시가의 차액은 자산별로 계상하고 자산조정계명세서를 작성해야 합니다.