심사청구 또는 심판청구에 대한 재조사결정 자체만으로는 법적인 효력이 발생하는 재결로 보기 어렵습니다. 재조사결정은 처분청이 해당 결정에서 지적된 사항을 다시 조사하여 그 결과에 따라 후속 처분을 하도록 지시하는 것에 해당합니다. 따라서 재조사결정의 법적 효력은 처분청의 후속 처분에 의해 보완될 때 발생한다고 보는 것이 일반적입니다.
대법원 판례에 따르면, 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의해 내용이 보완되어야 비로소 재결로서의 효력이 발생합니다. 따라서 재조사결정만으로는 어떤 법적 효력이 발생한다고 볼 수 없으며, 이에 대한 행정소송 제기 여부나 기간 계산 등은 후속 처분이 이루어진 후에 판단해야 합니다.
다만, 2016년 12월 20일 개정된 국세기본법에서는 재조사결정의 근거를 명확히 하고, 재조사결정에 따른 처분청의 처분에 대해서는 심사·심판청구를 거치지 않고도 행정소송을 제기할 수 있도록 하는 등 절차적 특례를 두고 있습니다. 또한, 재조사결정이라는 문구가 명시되지 않았더라도 경정 기준이 제시되지 않은 경정결정은 재조사결정으로 볼 수 있다는 판례도 있어, 납세자에게 유리하게 해석될 여지가 있습니다.