사업자등록을 하기 전, 즉 사업 개시일 이전의 거래에 대해 주민등록번호로 발급받은 세금계산서는 매입세액 공제가 가능할 수 있습니다. 다만, 이는 해당 과세기간이 종료된 후 20일 이내에 사업자등록을 신청한 경우에 한정됩니다.
만약 사업자등록을 한 이후에 주민등록번호로 세금계산서를 발급받았다면, 원칙적으로 해당 매입세액은 공제받을 수 없습니다. 이 경우, 사업자등록증 발급일 이후 공급분부터는 사업자등록번호로 세금계산서를 발급받아야 합니다. 만약 사업자등록 이후에도 주민등록번호로 세금계산서를 발급받았다면, 과세 관청의 경정 전에 수정세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 적용받을 수 있습니다. 다만, 전자세금계산서의 경우 다음 달 10일을 경과하여 수정 발급 시 지연발급 및 지연수취 가산세가 적용될 수 있으니 주의해야 합니다.
공급자가 폐업한 경우에는 수정세금계산서 발급이 불가능하여 매입세액 공제가 불가할 수 있습니다.