종합소득세는 법인세와 달리 비용으로 인식하지 않고, 납부 시점에 인출금으로 처리하는 것이 일반적입니다. 이는 종합소득세가 사업소득과는 별개로 개인의 소득에 대해 부과되는 세금이기 때문입니다. 따라서 사업주가 종합소득세를 납부하는 경우, 이는 사업체의 비용으로 처리되는 것이 아니라 사업주 개인의 자금에서 지출되는 것으로 간주되어 인출금으로 처리됩니다.
다만, 종합소득세 계산 시 사업과 관련된 비용을 공제받을 수 있습니다. 예를 들어, 사업용 계좌에서 사업 관련 지출에 대한 이자 비용 등은 종합소득세 계산 시 필요경비로 인정받을 수 있습니다. 하지만 이는 종합소득세 자체를 비용으로 처리하는 것과는 다른 개념입니다.