세관장이 부가가치세를 징수하기 전에 선하증권(선박에 물품을 선적하고 발행하는 증서)이 양도되는 경우, 선하증권을 양도하는 사람(양도인)은 선하증권을 양수하는 사람(양수인)으로부터 받은 대가 전체를 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급할 수 있습니다. 이렇게 발급받은 세금계산서는 추후 양수인이 세관장으로부터 발급받는 수입세금계산서와 함께 부가가치세 매입세액 공제를 받는 데 활용될 수 있다는 의미입니다.
이는 물품 수입 시 부가가치세가 이중으로 과세되는 것을 방지하고 거래의 투명성을 확보하기 위한 제도입니다. 일반적으로 보세구역에 보관된 물품을 국내로 반입할 때 재화의 공급과 재화의 수입에 대해 각각 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 하지만 선하증권이 세관장의 부가가치세 징수 전에 양도되는 경우, 양도인은 양수인이 지급한 대가 전체에 대해 세금계산서를 발행하고, 양수인은 이를 통해 매입세액 공제를 받을 수 있도록 하여 거래 당사자 간의 부담을 합리적으로 조정하는 것입니다.