전자세금계산서 발급의무자가 종이세금계산서를 발급한 경우, 세금계산서 발급 불성실 가산세(1%)가 부과되며 매출처별 세금계산서합계표 미제출 가산세는 중복하여 부과되지 않습니다.
부가가치세법 및 관련 집행기준에 따르면, 서로 다른 가산세가 중복되는 경우 납세자의 부담을 고려하여 중복 적용을 배제하는 규정을 두고 있습니다. 전자세금계산서 발급의무자가 종이세금계산서를 발급하여 세금계산서 발급 불성실 가산세(1%)가 적용되는 경우, 매출처별 세금계산서합계표 미제출 가산세(0.5%)는 중복 적용이 배제되도록 규정되어 있습니다.