수입통관 전 선하증권(BL)을 양수하는 경우, 해당 거래는 재화의 공급에 해당하여 양도인으로부터 세금계산서를 발급받고, 이후 수입통관 시 세관장으로부터 수입세금계산서를 발급받아 각각 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.
보세구역은 관세법상 외국물품을 보관하는 장소일 뿐 국내이므로, 보세구역 내에서 재화를 공급하는 것은 부가가치세 과세대상입니다. 선하증권의 양도는 해당 물품에 대한 권리를 이전하는 것으로 재화의 공급과 동일한 효력이 있습니다.
이때, 공급자와 세관장으로부터 각각 세금계산서를 발급받게 되어 이중 부담 문제가 발생할 수 있으나, 부가가치세법은 이를 해소하기 위해 실질 거래가액(선하증권 양수도가액)과 수입세금계산서상 공급가액의 차액을 기준으로 세금계산서를 발급하도록 규정하고 있습니다. 다만, 실무적으로 양수도가액을 기준으로 세금계산서를 발급받은 경우에도 적법한 거래라면 매입세액 공제가 가능합니다.