건축물 신축 시 취득세 과세표준을 산출할 때, 부가가치세법상 매입세액 공제 여부와 관계없이 부가가치세는 취득세 과세표준인 '사실상 취득가격'에서 제외하는 것이 지방세법상 올바른 신고 방법입니다.
취득세의 과세표준은 해당 물건을 취득하기 위해 거래 상대방이나 제3자에게 지급했거나 지급해야 할 직접비용과 간접비용의 합계액으로 산정합니다. 그러나 지방세법 시행령 제18조 제2항 제4호에 따라, 취득가격에 포함되는 비용 중 부가가치세는 사실상 취득가격에서 명시적으로 제외하도록 규정하고 있습니다. 이는 부가가치세가 취득세 과세대상 물건 자체의 가액과는 별개의 세목이기 때문입니다.
따라서 매입세액 공제를 받지 못한 부가가치세(불공제분)라 하더라도, 이를 취득세 과세표준에 포함하여 신고해서는 안 됩니다. 부가가치세 매입세액 불공제분은 법인세법이나 소득세법상 자산의 취득원가(장부가액)에는 포함될 수 있으나, 취득세 과세표준 산정 시에는 지방세법의 규정에 따라 제외하는 것이 원칙입니다.