제조업 등을 영위하는 중소기업이 동일한 과세연도에 중소기업특별세액감면과 이월된 통합투자세액공제를 동시에 적용받는 경우, 세액감면을 먼저 적용하고 그 후 이월된 세액공제액을 공제하는 순서로 처리하는 것이 가능합니다.
법인세법 및 소득세법은 세액감면과 세액공제가 동시에 적용될 때의 적용 순서를 명확히 규정하고 있습니다. 일반적으로 1) 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제 포함)을 먼저 적용하고, 2) 이월공제가 인정되지 않는 세액공제, 3) 이월공제가 인정되는 세액공제 순으로 적용합니다. 따라서 중소기업특별세액감면(세액감면)을 먼저 적용한 뒤, 이월된 통합투자세액공제(세액공제)를 적용하는 것은 법령상 정해진 순서에 부합합니다.