이월된 세액공제액이 여러 개일 때, 공제 순서는 먼저 발생한 세액공제액부터 차례대로 공제합니다. 즉, 과거 사업연도에서 발생하여 이월된 미공제액이 당해 연도에 발생한 세액공제액보다 우선하여 공제됩니다.
조세특례제한법 및 법인세법에 따르면, 세액공제액의 이월공제 시 공제 순서를 명확히 규정하고 있습니다. 이는 납세자가 공제받지 못한 세액공제액이 소멸하지 않도록 보호하고, 오래된 공제액부터 우선적으로 사용하여 세제 혜택의 실효성을 보장하기 위함입니다. 따라서 당해 연도에 공제할 금액과 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우, 이월된 금액을 먼저 공제하고, 이월된 금액들끼리도 발생 시기가 빠른 순서대로 적용하게 됩니다.