사업자단위과세 사업자라 하더라도 지방소득세 특별징수분은 본점과 지점의 소재지가 동일한지 여부와 관계없이 각 사업장 소재지를 관할하는 지방자치단체에 각각 신고·납부해야 하며, 이를 통합하여 신고할 수 없습니다.
지방세법상 지방소득세 특별징수분은 납세의무자(소득자)의 근무지 또는 소득 지급지를 관할하는 지방자치단체에 납부하도록 규정되어 있습니다. 사업자단위과세제도는 국세(부가가치세 등)의 납세 편의를 위한 제도일 뿐, 지방자치단체의 독립적인 과세권을 침해하거나 지방세 납세지를 본점으로 강제 통합하는 제도가 아니기 때문입니다.