개인 사업자가 주택을 신축할 때 자재 구입 시 납부한 부가가치세는 해당 주택이 과세 사업(예: 상가 신축 후 판매, 전용면적 85㎡ 초과 주택 신축 후 판매 등)에 사용되는 경우에만 매입세액으로 공제받을 수 있습니다. 반면, 국민주택 규모(전용면적 85㎡ 이하, 읍·면 지역은 100㎡ 이하) 이하의 주택을 신축하거나 자가 주거용으로 사용하는 경우에는 부가가치세가 면제되므로 자재 구입 시 부담한 부가가치세도 공제받을 수 없습니다.
부가가치세법상 매입세액 공제는 사업자가 자기의 과세 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대해서만 허용됩니다. 국민주택 건설 용역은 부가가치세가 면제되는 사업이므로, 이에 필수적으로 부수되는 건설자재 공급 역시 면세 범위에 포함되어 매입세액 공제가 불가능합니다. 또한, 사업과 직접 관련이 없는 지출(자가 주거용 등)에 대한 매입세액은 공제 대상에서 제외됩니다.