보증금에서 임차료를 차감하는 경우, 부가가치세법 시행령 제69조 제2항 제2호 나목을 적용하여 선급받은 임대료에 대해 분기별로 세금계산서를 발행해도 되나요?

임대보증금에서 임차료를 차감하는 경우라 하더라도, 부가가치세법상 부동산 임대용역의 공급시기는 원칙적으로 대가의 각 부분을 받기로 한 때 또는 예정신고기간·과세기간의 종료일이므로, 임의로 분기별로 세금계산서를 발행하는 것은 세법상 허용되지 않으며 지연발급 가산세가 부과될 수 있습니다.

한눈에 보기

• 공급시기 원칙: 부동산 임대용역은 대가의 각 부분을 받기로 한 때 또는 예정신고기간·과세기간의 종료일이 공급시기입니다.
• 발급 기한: 공급시기가 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 발급해야 합니다.
• 가산세: 법정 발급 기한을 지나서 발급할 경우 공급가액의 1%가 지연발급 가산세로 부과됩니다.

왜 그런가요?

부가가치세법 시행령 제29조에 따라 부동산 임대용역을 계속적으로 공급하는 경우, 대가를 받기로 한 때가 공급시기가 됩니다. 질문하신 '분기별 발행'은 법령에서 정한 '월 합계 세금계산서(매월 1일부터 말일까지의 공급가액을 합산하여 다음 달 10일까지 발급)' 제도의 범위를 벗어납니다. 따라서 분기 단위로 합산하여 발행할 경우, 첫 번째 달과 두 번째 달의 공급분에 대해서는 이미 법정 발급 기한이 경과한 것으로 보아 가산세 대상이 됩니다.

또한, 언급하신 부가가치세법 시행령 제69조 제2항은 위탁판매 등에 관한 세금계산서 발급 특례 규정으로, 부동산 임대료의 공급시기나 발급 주기를 분기별로 허용하는 근거가 아닙니다.

주의할 점

• 계약의 효력: 임대인과 임차인 간에 분기별 발행을 약정했더라도, 이는 세법상 가산세 면제 사유가 되지 않습니다. 세법은 계약 내용보다 법령의 발급 시기 규정을 우선하여 적용합니다.
• 가산세 부과: 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 발급하면 공급가액의 1%가 가산세로 부과되며, 확정신고기한까지도 발급하지 않으면 미발급 가산세 2%가 부과될 수 있습니다.
• 매입자 불이익: 공급자가 지연발급을 하면 공급받는 자(매입자)에게도 지연수취 가산세(공급가액의 0.5%)가 부과될 수 있습니다.