법인이 납부할 법인세는 법인세 산출세액에서 각종 공제·감면을 적용한 후의 세액과, 감면 전 과세표준에 최저한세율을 곱하여 계산한 '최저한세액'을 비교하여 결정하며, 주민세는 최저한세 비교 대상에 포함되지 않습니다.
법인세 납부세액은 '각종 감면 후의 법인세액'과 '최저한세액' 중 큰 금액으로 결정됩니다. 이때 비교 대상이 되는 세액은 오직 법인세이며, 주민세(지방소득세)는 별도의 세목으로 최저한세 비교 계산에 포함되지 않습니다.
최저한세 제도는 조세특례제한법에 따라 법인이 각종 조세 지원을 받더라도 소득이 있다면 최소한의 법인세를 납부하도록 하여 세부담의 형평성을 맞추기 위한 제도입니다. 따라서 최저한세 계산 구조는 법인세법상 산출세액과 조세특례제한법상 공제·감면을 기준으로 설계되어 있습니다. 주민세(지방소득세)는 법인세액을 과세표준으로 하여 별도로 계산되는 지방세이므로, 법인세의 최저한세 계산 과정과는 독립적으로 운영됩니다.