재화의 수입 시 세관장에게 납부한 부가가치세액은 부가가치세법 제38조에 따라 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액에 해당합니다. 다만, 관세 자체는 부가가치세가 아니므로 매입세액공제 대상이 아니며, 수입 시 납부한 부가가치세액을 공제받기 위해서는 세관장이 발급한 수입세금계산서가 반드시 필요합니다.
부가가치세법상 사업자가 자기의 사업을 위하여 수입하는 재화에 대한 부가가치세액은 매입세액으로 공제하도록 규정하고 있습니다. 이때 수입세금계산서는 세관장이 수입신고 수리 시 발급하며, 이 서류가 있어야만 납부한 부가가치세액을 입증하여 공제받을 수 있습니다. 관세는 물품 수입 시 부과되는 별도의 세금이므로 부가가치세 매입세액공제 대상이 아닙니다.