부동산 가등기에 대한 등록면허세는 가등기의 목적이 된 부동산 가액 또는 채권금액을 과세표준으로 하며, 질문하신 경우처럼 채권금액(2,000만 원)이 부동산 가액(3,000만 원)보다 적은 경우에는 채권금액인 2,000만 원을 과세표준으로 하여 세액을 산출합니다.
등록면허세는 과세표준에 1,000분의 2의 세율을 적용하여 계산하며, 산출된 세액이 6,000원 미만일 경우에는 6,000원을 납부해야 합니다. 따라서 2,000만 원을 기준으로 계산한 등록면허세는 40,000원(2,000만 원 × 0.002)이 되며, 여기에 지방교육세(등록면허세액의 20%) 8,000원을 합산하여 총 48,000원을 납부하게 됩니다.
참고로, 가등기 시 납부하는 등록면허세는 등기 신청서를 관할 지방자치단체에 접수하기 전까지 신고·납부해야 합니다.