과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 현금영수증 매입 내역을 신고할 때, 면세사업 관련 매입세액을 구분하지 않고 과세사업 매입세액에 합산하여 신고하는 것은 부가가치세법상 매입세액 불공제 원칙에 위배되는 잘못된 신고 방법입니다.
부가가치세법 제39조제1항제7호에 따라 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니합니다. 또한, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 같은 법 제40조 및 시행령 제81조에 따라 안분계산하여 면세사업 관련분을 불공제해야 합니다.
따라서 홈택스에서 매입 내역을 불러올 때 면세분이나 공통매입분을 그대로 합산하여 신고하는 경우 다음과 같은 불이익이 발생할 수 있습니다.
실무적으로는 매입 내역을 불러온 후, 면세사업에 직접 사용된 매입세액은 '공제받지 못할 매입세액'으로 분류하고, 과세·면세 공통 사용분은 안분계산 명세서를 작성하여 신고해야 합니다. 번거롭더라도 실지귀속을 구분하여 신고하는 것이 세무 리스크를 방지하는 유일한 방법입니다.