폐지된 지점 소속 근로자의 과거 급여를 수정해야 할 때, 본점에서 연말정산 및 원천세 수정신고를 진행하면 되나요?

폐지된 지점 소속 근로자의 과거 급여를 수정해야 하는 경우, 본점에서 해당 근로자의 연말정산 및 원천세 수정신고를 진행할 수 있습니다.

법인의 지점이 폐지되어 소멸한 경우, 해당 지점의 원천징수 의무는 본점으로 승계됩니다. 따라서 본점은 폐지된 지점의 원천징수 의무를 승계하여 과거 급여에 대한 수정신고 및 연말정산 재정산을 수행할 의무와 권한을 가집니다.

수정신고 및 연말정산 절차

1. 원천징수이행상황신고서 수정: 본점 관할 세무서에 해당 귀속·지급연월에 대한 수정 원천징수이행상황신고서를 제출해야 합니다. 이때 수정신고로 인한 세액 증감분은 정기분 신고서의 A90란에 기재하여 반영합니다.
2. 지급명세서 수정: 과거에 제출한 근로소득 지급명세서를 수정하여 다시 제출해야 합니다. 연말정산 재정산이 필요한 경우 수정된 지급명세서와 함께 소득·세액공제신고서 등을 반영하여 처리합니다.
3. 가산세: 수정신고로 인해 추가 납부할 세액이 발생하는 경우, 법정 납부기한 경과에 따른 원천징수납부불성실 가산세가 적용될 수 있습니다. 다만, 자발적인 수정신고 시 국세기본법에 따른 가산세 감면 규정을 적용받을 수 있습니다.

유의사항

• 승계 명세: 본점에서 일괄적으로 처리하는 경우, 합병 및 사업자단위과세 전환 등에 따른 차월이월환급세액 승계명세 등을 작성하여 제출해야 할 수 있습니다.
• 제출처: 원천징수의무자인 본점의 납세지 관할 세무서에 관련 서류를 제출하십시오.
• 폐업 지점의 자료: 폐지된 지점의 과거 원천징수 이행 실태 및 지급명세서 내역을 정확히 확인하여 수정분과 당초분을 비교·검토한 후 신고하시기 바랍니다.