재화의 수입 시점에 부가가치세를 부과하는 것은 수출자가 세금을 대신 받아 납부하는 원천징수 방식과는 다른 개념입니다.
부가가치세법상 재화의 수입 시점에 세관장이 부가가치세를 징수하는 것은, 수입하는 자가 국내로 물품을 반입할 때 해당 물품에 대한 부가가치세를 세관장에게 직접 신고·납부하도록 하는 제도입니다. 이는 수출자가 세금을 대신 받아 납부하는 원천징수와는 다음과 같은 차이가 있습니다.
따라서 수입 시 부가가치세 납부는 수출자가 세금을 대신 받아주는 과정이 아니며, 수입자가 수입신고 단계에서 세관장에게 직접 납부하는 의무입니다. 다만, 중소·중견사업자가 원재료 등을 수입하는 경우 요건을 충족하면 부가가치세 납부를 유예받을 수 있는 제도가 있으나, 이 역시 원천징수와는 별개의 납부 유예 제도입니다.