사업자가 폐업하거나 사실상 사업을 시작하지 않는 경우 관할 세무서장은 지체 없이 사업자등록을 직권으로 말소해야 합니다. 직권 말소 사유는 사업자가 정당한 사유 없이 6개월 이상 사업을 시작하지 않거나, 부도·고액체납 등으로 도산하여 소재가 불명인 경우, 인가·허가 취소 등으로 사실상 폐업 상태인 경우, 또는 2개 이상의 과세기간 동안 부가가치세를 신고하지 않고 사실상 폐업 상태인 경우 등이 포함됩니다.
직권으로 등록이 말소되면 세무서장은 등록증을 회수해야 하며, 회수할 수 없는 경우에는 말소 사실을 공시합니다. 직권 폐업된 사업자가 다시 사업을 재개하려는 경우에는 신규 사업자등록 신청과 동일한 절차를 거쳐야 합니다. 이때 관할 세무서장은 현지 확인 등을 통해 실질적인 사업 재개 여부를 조사한 후 등록증 발급 여부를 결정합니다. 다만, 체납액이 있는 경우에는 체납 담당자와 상담하여 납부 계획 등을 확인하는 과정이 필요할 수 있습니다.
폐업 시 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 보아 부가가치세가 과세될 수 있으며, 폐업 후에는 수정세금계산서 발급이 불가능하므로 주의해야 합니다. 또한, 인·허가 업종의 경우 세무서뿐만 아니라 해당 인·허가 기관에도 별도의 폐업 신고를 해야 등록면허세 부과 등 불이익을 방지할 수 있습니다.