연구소 운영을 위한 시설물 설치 공사 비용은 부가가치세 매입세액 공제 대상인가요?

연구소 운영을 위해 설치하는 시설물 공사 비용은 해당 시설물이 연구개발 활동에 직접적으로 사용되는지 여부와 자본적 지출 해당 여부에 따라 부가가치세 매입세액 공제 여부가 결정됩니다.

연구개발 전담부서에서 연구용으로 직접 사용하는 시설물(실험기구, 장치 등)의 설치 비용은 매입세액 공제가 가능합니다. 그러나 해당 공사가 토지의 가치를 현실적으로 증가시키거나 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 경우에는 토지 관련 매입세액으로 보아 공제받을 수 없습니다.

또한, 연구소 건물 자체의 임차료나 건물 신축·증축과 관련된 비용은 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외되며, 부가가치세 매입세액 공제 시에도 토지 관련 비용이나 면세사업 관련 비용으로 분류될 경우 불공제될 수 있습니다. 따라서 설치하는 시설물이 연구개발 활동에 직접 사용되는 '연구·시험용 시설'인지, 아니면 건물이나 토지의 가치를 높이는 '자본적 지출'인지에 대해 실질적인 용도를 구분하여 판단해야 합니다.