비영리법인이 고유번호증을 보유하고 수익사업과 관련 없는 고유목적사업을 위해 재화나 용역을 공급받는 경우에는 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세 매입세액 공제는 사업자가 과세사업을 영위하며 자기의 매출세액에서 공제할 수 있는 것이 원칙입니다. 따라서 비영리법인이 수익사업을 영위하지 않거나, 수익사업과 관련 없는 고유목적사업을 위해 지출한 비용에 대해 고유번호증으로 세금계산서를 발급받은 경우에는 해당 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없습니다.
다만, 비영리법인이 수익사업을 영위하여 과세사업자로 별도로 등록한 경우라면, 해당 수익사업과 직접 관련하여 공급받은 재화나 용역에 대해 사업자등록번호로 적법하게 세금계산서를 발급받은 때에 한하여 매입세액 공제가 가능합니다. 만약 수익사업 관련 지출임에도 불구하고 고유번호증으로 세금계산서를 발급받은 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 없으므로 주의가 필요합니다.