기존 매입세금계산서가 있는 상태에서 거래처 실수로 10일 후 이중 발행된 매입세금계산서에 대해 당일 수정세금계산서를 발행했을 때 발생하는 가산세 계산 방법은 무엇인가요?

거래처의 실수로 이중 발행된 매입세금계산서에 대해 당일 수정세금계산서를 발행한 경우, 해당 수정세금계산서 발급 사유가 '착오에 의한 이중발급'에 해당한다면 가산세는 부과되지 않습니다.

부가가치세법상 세금계산서 발급 및 수취와 관련하여 가산세가 부과되는 경우는 세금계산서 미발급, 지연발급, 필요적 기재사항 착오 기재 등 의무 위반이 있을 때입니다. 귀하의 사례처럼 거래처가 착오로 이중 발행한 세금계산서를 인지하고 즉시 수정세금계산서(음(-)의 세금계산서)를 발행하여 거래 사실을 바로잡은 경우에는, 이는 세법에서 정한 적법한 수정세금계산서 발급 절차를 이행한 것으로 보아 가산세 대상이 아닙니다.

다만, 다음 사항을 유의하시기 바랍니다.

• 수정세금계산서 발급 사유: '착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우'에 해당하여 처음에 발급한 세금계산서 내용대로 음(-)의 표시를 하여 발급하면 됩니다.
• 신고·납부불성실 가산세: 세금계산서 자체에 대한 가산세는 없으나, 만약 이중 발행된 세금계산서로 인해 당초 부가가치세 신고 시 매입세액을 과다하게 공제받았다면, 이는 별도의 '과소신고가산세' 및 '납부지연가산세' 판단 대상이 될 수 있습니다. 이 경우 수정신고를 통해 바로잡아야 합니다.
• 거래 사실 확인: 수정세금계산서 발급 시 비고란에 사유를 명확히 기재하고, 관련 증빙을 보관하여 추후 세무조사나 확인 시 거래 사실이 이중 발행에 의한 착오였음을 소명할 수 있도록 준비하시기 바랍니다.