세금계산서는 대가의 수취 여부와 관계없이 재화 또는 용역의 공급시기에 발급하는 것이 원칙이므로, 대금을 받지 못했다는 이유만으로 세금계산서를 취소하거나 수정할 수는 없습니다.
부가가치세는 대금 회수 여부와 무관하게 공급시기가 속하는 과세기간에 신고·납부해야 합니다. 따라서 2분기에 발행한 세금계산서라면 이미 해당 과세기간의 매출세액으로 신고가 완료되었어야 하며, 현재 대금이 미수 상태라 하더라도 세무상 문제가 발생하지는 않습니다.
다만, 향후 해당 채권이 회수 불가능한 상태가 되어 대손이 확정되는 경우에는 '대손세액공제' 제도를 통해 이미 납부한 매출세액을 공제받을 수 있습니다. 대손세액공제는 파산, 강제집행, 소멸시효 완성 등 법령에서 정한 대손 사유가 발생하여 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 확정신고 시 매출세액에서 차감하는 방식으로 적용됩니다.
따라서 현재는 미수금 상태를 장부에 적절히 관리하시고, 추후 채권 회수가 불가능해질 경우를 대비하여 관련 증빙 서류를 보관해 두시는 것이 좋습니다.