면세 매출을 위해 지출한 운송료는 사업과 직접 관련이 없는 지출이 아니라, 면세사업과 관련된 비용으로 분류됩니다.
부가가치세법상 '사업과 직접 관련 없는 지출'이란 업무와 무관한 자산의 취득·관리비, 타인이 주로 사용하는 자산의 유지비, 업무무관 자산 취득을 위한 차입금 이자, 사업과 무관한 기업업무추진비 등을 의미합니다. 반면, 면세사업자가 지출하는 운송료는 사업을 영위하기 위해 필수적으로 발생하는 비용이므로 '사업과 직접 관련 없는 지출'에는 해당하지 않습니다.
다만, 부가가치세법상 면세사업자는 부가가치세 납부 의무가 없는 대신 매입세액 공제도 받을 수 없으므로, 해당 운송료에 포함된 부가가치세액은 매출세액에서 공제되지 않는 '면세사업 관련 매입세액'으로 처리되는 것입니다. 이는 지출 자체가 사업과 무관해서가 아니라, 면세사업의 특성상 매입세액 공제 대상에서 제외되는 것입니다.
따라서 신고 시 불공제 사유는 '사업과 직접 관련 없는 지출'이 아닌 '면세사업 관련 매입세액'으로 선택해야 하며, 공제받지 못한 부가가치세액은 소득세법상 사업소득금액 계산 시 필요경비로 산입할 수 있습니다.