과세사업과 면세사업을 겸영하여 공통매입세액 안분계산을 하는 사업자라도, 면세농산물 등을 구입하여 과세사업에 사용하는 경우에는 의제매입세액 공제를 받을 수 있습니다.
다만, 겸영사업자의 경우 의제매입세액 공제 시에도 실지귀속에 따라 공제 여부를 판단해야 하며, 실지귀속이 불분명한 경우에는 공통매입세액 안분계산 규정을 준용하여 공제 대상 원재료를 구분해야 합니다.
겸영사업자의 의제매입세액 공제 시 주의사항
실지귀속 우선 원칙: 면세원재료를 매입한 경우, 해당 원재료가 과세사업에 사용되는지 면세사업에 사용되는지 실지귀속에 따라 구분합니다. 과세사업에 사용되는 원재료에 대해서만 의제매입세액 공제가 가능합니다.
공통 사용 원재료의 안분: 실지귀속을 구분할 수 없는 면세원재료는 공통매입세액 안분계산 규정을 준용하여 안분합니다. 이때 적용되는 비율은 해당 사업장에서 매입한 면세원재료로 제조·가공한 과세재화(또는 용역)와 면세재화(또는 용역)의 총공급가액 중 과세사업 공급가액이 차지하는 비율입니다.
전용 시 추가 납부: 의제매입세액을 공제받은 원재료가 이후 과세사업이 아닌 면세사업의 원재료로 전용되는 경우에는, 전용한 날이 속하는 예정신고 또는 확정신고 시 해당 금액을 추가로 납부해야 합니다.
공제 한도: 의제매입세액 공제 시에는 업종별·사업자별로 정해진 과세표준 대비 공제 한도를 준수해야 합니다.