정부 출연금을 받아 지출한 연구개발비도 세액공제가 가능한가요?

국가, 지방자치단체, 공공기관 또는 지방공기업으로부터 연구개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 지출한 연구개발비는 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외됩니다.

조세특례제한법에 따라 기업의 연구개발 활동을 지원하기 위해 세액공제 제도를 운영하고 있으나, 정부 등으로부터 출연금을 받아 지출한 비용은 기업이 직접 부담한 비용이 아니라고 보아 세액공제 혜택을 적용하지 않습니다. 이는 연구개발출연금을 지급받아 지출하는 모든 연구개발비에 공통으로 적용되는 사항입니다.

다만, 출연금 외에 기업이 자체적으로 부담한 민간부담금 등의 비용은 해당 법인의 연구개발 활동 내용, 전담연구원 인건비 여부 등 실질적인 요건을 충족하는 경우 세액공제 적용이 가능할 수 있습니다. 이 경우 연구개발비와 인력개발비 등을 구분하여 경리해야 하며, 세액공제 신청 시 관련 증거서류를 제출해야 합니다.

만약 과거에 출연금을 받아 지출한 비용을 세액공제 대상에 포함하여 신고했다면, 이는 세액공제 배제 대상이므로 수정신고 등을 통해 바로잡아야 할 수 있습니다. 반대로, 출연금을 받아 지출한 비용을 제외하고 신고했으나 추후 출연금을 전액 반환하는 등 사유가 발생한 경우에는 경정청구를 통해 세액공제 적용 가능 여부를 검토할 수 있습니다.