6월 30일에 발급받은 매입세금계산서의 매입세액은 해당 공급시기가 속하는 과세기간인 제1기(1월 1일 ~ 6월 30일)의 매입세액으로 공제받아야 하며, 이를 제2기 확정신고 시 매출세액에서 공제하는 것은 불가능합니다.
부가가치세법상 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것이 원칙입니다. 따라서 6월 30일이 공급시기인 거래는 제1기 부가가치세 확정신고(7월 25일까지) 시 매입세액으로 반영해야 합니다. 만약 제1기 신고 시 해당 매입세액을 누락하였다면, 제2기 확정신고 기간에 반영하는 것이 아니라 제1기 부가가치세에 대한 경정청구 또는 수정신고를 통해 공제받아야 합니다.
또한, 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것은 해당 과세기간의 매출세액 범위 내에서 이루어지는 것이며, 특정 과세기간의 매입세액을 다른 과세기간의 매출세액에서 임의로 인식하거나 대체할 수 없습니다. 따라서 7월 이후의 매출세액에서 6월분 매입세액을 공제하려는 계획은 세법상 허용되지 않음을 유의하시기 바랍니다.