운송업을 하는 경우 민자고속도로가 아닌 일반 고속도로 통행료도 부가세 공제가 가능한가요?

운송업을 영위하는 사업자가 일반 고속도로(한국도로공사 관리)를 이용하는 경우, 해당 통행료는 부가가치세가 면제되는 용역에 해당하여 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.

부가가치세 매입세액 공제는 사업자가 재화나 용역을 공급받을 때 부가가치세를 부담한 경우에만 가능합니다. 한국도로공사가 운영하는 일반 고속도로 통행료는 조세특례제한법에 따라 부가가치세가 면제되므로, 애초에 부가가치세가 거래징수되지 않아 공제할 매입세액 자체가 존재하지 않습니다.

반면, 민자고속도로는 부가가치세가 과세되는 사업이므로, 해당 통행료를 지급하고 세금계산서나 부가가치세가 별도로 기재된 신용카드매출전표 등 적격증빙을 수취하는 경우에는 매입세액 공제가 가능합니다.

따라서 운송업 사업자라 하더라도 일반 고속도로 이용분은 공제 대상이 아니며, 민자고속도로 이용분 중 적격증빙을 갖춘 경우에 한해 공제받을 수 있습니다. 하이패스를 이용하는 경우 한국도로공사 운영 구간과 민자 구간이 혼재되어 있을 수 있으므로, 민자 구간 이용분만 별도로 구분하여 증빙을 관리해야 공제가 가능합니다.