과세 면세 겸영사업자의 공동시공에서 주관사가 원가를 안분하여 발행한 세금계산서가 매출이 아니라면, 이에 대한 부가세를 납부하는 것이 부당하지 않은가요?

공동도급 사업에서 주관사가 구성원에게 발급하는 세금계산서는 공동비용의 정산 과정일 뿐이므로, 이를 매출로 보아 부가가치세를 납부하는 것은 부당합니다.

공동도급 계약에 따라 주관사가 전체 비용을 일괄 수취한 후 구성원에게 지분만큼 세금계산서를 발급하는 행위는 재화나 용역의 공급이 아닌 비용의 정산에 해당합니다. 따라서 다음과 같은 점을 유의해야 합니다.

• 매출 제외: 해당 세금계산서는 부가가치세법상 과세표준(매출)에 포함되지 않으므로, 부가가치세 신고 시 매출세액으로 신고하거나 납부할 의무가 없습니다.
• 세금계산서 합계표 제출: 매출은 아니지만 세금계산서 발급 사실은 존재하므로, 부가가치세 신고 시 세금계산서 합계표에는 해당 내역을 기재하여 제출해야 합니다.
• 소명 준비: 법인세 신고 시 수입금액 조정명세서 등을 통해 해당 금액이 매출이 아닌 비용 정산액임을 명확히 소명하여, 과세관청으로부터 매출 누락으로 오인받지 않도록 관리해야 합니다.

만약 주관사가 이를 매출로 오인하여 부가가치세를 납부했다면, 이는 사실과 다른 세금계산서 발급 및 과다 납부에 해당할 수 있으므로 경정청구 등을 통해 바로잡는 절차가 필요할 수 있습니다.