부가가치세 확정신고 시 신용카드 발행세액공제액이 납부세액에서 공제되지 않은 이유는 공제받을 수 있는 금액이 납부할 세액을 초과하여 공제 한도를 초과했거나, 예정고지 세액으로 인해 최종적으로 납부할 세액이 '0' 이하가 되었기 때문입니다.
부가가치세법상 신용카드 발행세액공제는 납부세액을 한도로 적용하며, 공제 후 납부할 세액이 음수(환급)가 되는 경우에는 그 초과하는 부분은 없는 것으로 봅니다. 귀하의 사례처럼 예정고지 세액 등으로 인해 최종적으로 환급이 발생하는 상황이라면, 이미 납부할 세액이 없거나 환급 상태이므로 공제할 세액이 존재하지 않아 공제액이 반영되지 않는 것이 정상입니다.
주요 확인 사항은 다음과 같습니다.
따라서 현재 환급이 발생하는 상황이라면 세액공제액 1,000원은 공제 대상에서 제외되는 것이 세법상 올바른 처리입니다.