부가가치세 신고 시 보조금이 포함된 전체 금액으로 공제받아도 되나요?

부가가치세 매입세액 공제 여부는 보조금의 포함 여부가 아니라, 해당 재화나 용역이 사업을 위하여 사용되었거나 사용할 목적으로 공급받은 것인지와 매입세액 불공제 사유에 해당하지 않는지에 따라 결정됩니다.

따라서 보조금을 재원으로 대가를 지급했더라도, 사업자가 과세사업을 위해 재화나 용역을 공급받고 적격증빙(세금계산서 등)을 수취했다면 매입세액 공제를 받을 수 있습니다. 이때 공제 대상 금액은 보조금 포함 여부와 무관하게 실제 공급받은 재화나 용역의 공급가액을 기준으로 합니다.

다만, 다음의 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 없으므로 주의해야 합니다.

• 면세사업 등에 사용되는 경우: 국고보조금을 재원으로 하더라도 면세사업이나 부가가치세가 과세되지 않는 사업에 사용되는 재화·용역의 매입세액은 공제되지 않습니다.
• 비과세사업에 사용되는 경우: 비과세사업을 위해 사용되는 재화·용역의 매입세액 또한 공제 대상에서 제외됩니다.
• 공통매입세액 안분: 과세사업과 면세사업(비과세사업 포함)을 겸영하는 경우, 공통으로 사용되는 매입세액은 실지귀속을 구분할 수 없다면 총공급가액 대비 면세공급가액 비율에 따라 안분하여 면세사업 관련분은 불공제해야 합니다. 이때 면세공급가액에는 해당 사업과 관련하여 받았으나 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금 등이 포함됩니다.

결론적으로 보조금의 재원 여부보다는 해당 지출이 과세사업과 직접적인 관련이 있는지가 핵심 판단 기준입니다.