중도 퇴사 시 기납부세액을 환급하는 이유는 매월 급여 지급 시 간이세액표에 따라 원천징수된 세액의 합계가, 퇴사 시점까지의 실제 근로소득에 대해 세법상 정확하게 계산된 연간 근로소득세액보다 많기 때문입니다.
근로소득세는 연간 총급여를 기준으로 결정되는데, 매월 급여를 받을 때는 정확한 연간 소득과 공제액을 알 수 없으므로 '근로소득 간이세액표'를 기준으로 세금을 미리 떼어 납부합니다. 퇴사 시점에는 해당 과세기간의 근로소득이 확정되므로, 원천징수의무자(회사)는 퇴사하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 실시하여 실제 부담해야 할 세액(결정세액)을 다시 계산합니다.
이때 정산 결과, 이미 납부한 세액(기납부세액)이 실제 결정세액보다 많다면 그 차액만큼을 근로자에게 돌려주게 되며, 반대로 적게 낸 경우에는 추가로 납부하게 됩니다. 즉, 환급은 과다하게 원천징수된 세금을 정산하여 돌려받는 과정입니다.
