한국 거주자로서 일본 파견 기간 중 일본 내 원천소득이 발생하여 일본에 세금을 신고·납부했다면, 한국 종합소득세 신고 시 해당 세액을 외국납부세액공제로 적용받아 이중과세를 조정하는 절차가 맞습니다.
일본 세법상 거주자 요건(183일 이상 체류 등)을 충족하고 일본 내에서 근로를 제공하여 발생한 소득이 있다면, 해당 소득은 일본의 과세 대상이 됩니다. 따라서 일본 세법에 따라 일본 관할 세무서에 확정신고를 하고 세금을 납부해야 합니다.
한국 거주자는 전 세계 소득에 대해 납세의무가 있으므로, 일본에서 신고한 소득을 포함하여 한국에서 종합소득세 확정신고를 해야 합니다. 이때 한국 본사에서 지급받은 급여에 대해 이미 한국에서 원천징수된 세액이 있다면 이를 기납부세액으로 공제받습니다.
일본에서 납부한 세액은 한국 종합소득세 신고 시 '외국납부세액공제'를 통해 한국 산출세액에서 차감받을 수 있습니다.
결론적으로 일본에서의 신고·납부와 한국에서의 합산 신고 및 외국납부세액공제 신청은 이중과세를 방지하기 위한 필수적인 과정입니다. 다만, 구체적인 소득 귀속지 판단과 공제 한도 계산은 복잡할 수 있으므로, 신고 시 반드시 관련 증빙을 철저히 준비하시고 세무 전문가의 검토를 받으시는 것을 권장합니다.