비영리내국법인이라 하더라도 법인세법상 수익사업을 영위하는 경우에는 각 사업연도의 소득에 대해 법인세 신고·납부 의무가 있으며, 고유목적사업과 관련된 수입과 지출은 수익사업의 소득금액 계산 시 구분하여 처리해야 합니다.
비영리법인은 원칙적으로 수익사업에서 발생하는 소득에 대해서만 법인세 납세의무가 있습니다. 따라서 수익사업을 영위하는 비영리법인은 법인세 과세표준 및 세액신고서에 재무상태표, 포괄손익계산서, 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) 및 세무조정계산서를 첨부하여 신고해야 합니다. 다만, 수익사업을 전혀 영위하지 않는 비영리법인은 법인세 신고 의무가 없습니다.
법인세 신고 시 제출하는 재무제표는 기업회계기준을 준용하여 작성해야 합니다. 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우, 해당 수익사업과 고유목적사업을 구분경리해야 하며, 법인세 신고 시 제출하는 표준손익계산서에는 수익사업 부문의 손익이 포함되어야 합니다.
이자소득만 있는 비영리법인의 경우, 법인세법 제62조에 따라 과세표준 신고를 하지 않을 수 있습니다. 이 경우 별지 제56호 서식(이자소득만 있는 비영리법인의 법인세·농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서)을 사용하여 신고할 수 있으며, 이때는 재무상태표나 손익계산서 등 일반적인 첨부서류를 제출할 필요가 없습니다.