여행업자가 관광객으로부터 받는 대가 중 여행알선용역의 공급에 직접 관련되지 않은 비용(숙박비, 운송비, 랜드비용 등)을 구분하여 수탁받아 지급하는 경우, 부가가치세 과세표준은 알선수수료인 100만 원이 되며 이에 따른 매출세액은 10만 원이 됩니다.
질문하신 사례와 같이 여행사가 알선수수료 100만 원을 매출로 신고하고 10만 원의 부가가치세를 납부하는 방식은, 여행알선용역의 공급가액을 정확히 산정하여 신고한 것으로서 부가가치세법상 적절한 처리입니다. 이 경우 랜드비용 등 수탁받은 비용 900만 원은 여행사의 공급가액에 포함되지 않으므로, 해당 비용에 대한 매입세액 또한 공제받을 수 없습니다.
반면, 만약 여행사가 관광객에게 비용의 종류별 금액과 알선수수료를 구분하지 않고 대가 전액(1,000만 원)을 받는다면, 그 대가 전액이 공급가액이 되어 100만 원의 매출세액을 납부해야 합니다. 따라서 부가가치세 납부액의 차이는 '비용의 구분 기재 여부'와 '실질적인 공급가액 산정'에 따라 발생하게 됩니다.