비영리법인이 고유번호증만 보유한 경우 매입세액 공제는 어떻게 처리하나요?

비영리법인이 고유번호증만 보유하고 수익사업을 위한 사업자등록을 하지 않은 경우, 해당 거래와 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 없습니다.

부가가치세법상 매입세액 공제는 과세사업을 영위하는 사업자가 사업자등록을 하고, 그 사업과 관련하여 재화나 용역을 공급받을 때 부담한 부가가치세액에 대해서만 적용됩니다. 고유번호증은 수익사업을 하지 않는 비영리법인에게 과세자료 관리 목적으로 부여되는 번호이므로, 이를 사업자등록증과 동일하게 보아 매입세액을 공제하거나 환급받을 수는 없습니다.

따라서 비영리법인이 수익사업과 관련하여 재화를 공급받으면서 사업자등록을 하지 않고 고유번호로 세금계산서를 교부받은 경우, 해당 매입세액은 공제 대상에서 제외됩니다. 다만, 이 경우 공제받지 못한 매입세액은 해당 자산의 취득가액에 가산하거나, 비용 성격의 지출이라면 해당 연도의 손금으로 처리하여 법인세 계산 시 반영할 수 있습니다.