본점과 지점의 업종이 다르더라도 본점의 주된 사업이 감면 대상 업종에 해당한다면 세제 혜택 등을 적용받을 수 있으나, 사업자등록 시에는 각 사업장에서 영위하는 실제 사업 내용을 사실대로 기재하여 등록해야 합니다.
사업자등록은 사업장마다 실제 영위하는 사업 내용을 기준으로 신청해야 합니다. 본점과 지점이 서로 다른 업종을 영위한다면, 본점은 해당 업종(예: 도소매업 등)으로, 지점은 제조업으로 각각 사업자등록을 해야 합니다. 제조업의 경우 최종제품을 완성하는 장소를 사업장으로 보며, 제조업 허가나 신고가 필요한 업종이라면 해당 증빙 서류를 첨부하여 등록해야 합니다.
조세특례제한법상 감면이나 세액공제 혜택을 판단할 때는 기업 전체의 '주된 사업(신고수입금액이 가장 큰 사업)'을 기준으로 합니다. 따라서 지점이 제조업이라 하더라도 본점의 주된 사업이 감면 대상 업종이라면, 지점의 업종과 관계없이 소속 근로자에 대한 소득세 감면이나 기업에 대한 세액공제 혜택을 적용받을 수 있는 경우가 많습니다.