재화나 용역의 공급과 직접적인 대가 관계가 없는 손해배상금은 부가가치세 과세대상에 해당하지 않으므로 세금계산서를 발급할 수 없습니다.
사업자가 계약의 불이행이나 재화의 하자 등으로 인해 상대방으로부터 받는 손해배상금은 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가가 아니기 때문에 부가가치세법상 과세대상에서 제외됩니다. 따라서 이를 근거로 세금계산서를 발급하는 것은 적법하지 않으며, 만약 착오로 세금계산서를 발급했다면 수정세금계산서를 발급하여 취소해야 합니다.
다만, 손해배상금의 명목이라 하더라도 실질적으로 재화나 용역의 공급에 대한 대가성이 있는 경우에는 과세대상에 해당할 수 있습니다. 예를 들어, 파손된 재화의 잔존 가치를 상대방에게 귀속시키고 그 대가를 받는 경우 등은 재화의 공급으로 보아 세금계산서 발급 대상이 될 수 있습니다. 따라서 지급받는 금액이 순수한 손해배상금인지, 아니면 재화나 용역의 공급에 대한 대가인지 실질적인 거래 내용을 확인하는 것이 중요합니다.