개인사업자가 고용증대 세액공제에 따른 환급금을 다른 미납 세금에 충당하려면 '국세환급금 충당' 제도를 활용할 수 있습니다. 이는 납세자가 환급받을 세금이 있을 때, 이를 다른 미납 세금에 충당하는 제도입니다.
환급세액을 특정 국세에 충당할 것을 청구할 수 있으며, 이 경우 충당청구를 한 날에 해당 국세를 납부한 것으로 간주됩니다. 고용증대 세액공제는 경정청구를 통해 환급받을 수 있으며, 경정청구는 지난 5년간 과도하게 징수된 세금을 돌려받기 위해 국가에 정정 신고를 하는 제도입니다.