폐업한 사업자는 더 이상 사업자가 아니므로 폐업일 이후에는 원칙적으로 수정세금계산서를 발급할 수 없으며, 폐업일 이후에 발급된 수정세금계산서는 세금계산서로서의 효력이 인정되지 않아 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세법상 폐업자는 사업자등록이 말소된 상태이므로 세금계산서 발급 권한이 소멸합니다. 따라서 폐업일 이후에 발생한 재화의 환입 등에 대하여 수정세금계산서를 발급하거나 수취하는 것은 적법한 절차가 아닙니다. 이미 공제받은 매입세액이 있다면, 해당 사유가 발생한 과세기간의 납부세액에서 차감하거나 가산하여 정산해야 합니다.
다만, 폐업일 이전의 거래분에 대해서는 폐업일이 속한 달의 다음 달 10일까지 세금계산서 발급이 가능하지만, 작성일이 소급되는 수정세금계산서는 폐업일 이후 발급이 불가능합니다. 따라서 폐업한 거래상대방으로부터 받은 수정세금계산서는 매입세액 공제 대상에서 제외되므로, 부가가치세 신고 시 이를 반영하여 수정신고하거나 경정청구 등을 통해 매입세액을 조정해야 합니다.