부가가치세 신고서상 납부세액이 없더라도 과세표준 수정신고 시 추가납부세액이 발생하는 것은, 당초 신고 시 누락되었던 매출세액이 반영되거나 공제받지 말아야 할 매입세액을 공제받아 과소신고된 세액이 확인되었기 때문입니다.
부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 차감하여 납부세액을 결정합니다. 당초 신고서에 납부할 세액이 없었다는 것은 매출세액과 매입세액이 같거나 매입세액이 더 많았음을 의미합니다. 그러나 수정신고 과정에서 다음과 같은 사유가 발생하면 추가납부세액이 산출됩니다.
이 경우 수정신고를 통해 정확한 과세표준과 세액을 다시 계산하게 되며, 당초 신고보다 납부할 세액이 늘어난다면 그 차액만큼을 추가로 납부해야 합니다. 또한, 수정신고로 인해 발생하는 추가납부세액에 대해서는 과소신고가산세와 납부지연가산세가 함께 부과될 수 있습니다. 다만, 법정신고기한 경과 후 수정신고 기한 내에 자진 신고·납부하는 경우 가산세의 일정 비율을 감면받을 수 있습니다.