경정청구에 대한 세무서장의 처리 기한은 원칙적으로 2개월이며, 해당 청구가 인용되어 환급이 결정된 경우 국세환급금 지급은 별도의 절차를 통해 진행됩니다.
세무서장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정·경정하거나, 경정할 이유가 없다는 뜻을 청구인에게 통지해야 합니다. 만약 이 기간 내에 통지를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 이의신청, 심사청구, 심판청구 등 조세불복 절차를 진행할 수 있습니다.
경정청구 결과 환급할 세액이 발생한 경우, 세무서장은 이를 지체 없이 지급해야 하며, 이때 환급금 지급 절차는 경정 결정 통지 이후 별도로 이루어집니다. 다만, 경정청구 내용에 보정이 필요한 경우 세무서장은 30일 이내의 기간을 정하여 보정을 요구할 수 있으며, 이 보정 기간은 2개월의 처리 기한에 산입되지 않습니다. 또한, 국제조세조정에 관한 법률에 따른 정상가격 조정 관련 경정청구 등 일부 특수한 경우에는 처리 기한이 6개월로 연장되는 등 예외가 있을 수 있습니다.