법인세는 사업자번호와 관계없이 법인의 본점 또는 주사무소 소재지를 납세지로 하여 법인 전체의 소득에 대해 일괄적으로 신고·납부하는 것이 원칙입니다.
법인세법상 내국법인의 납세지는 등기부상의 본점 또는 주사무소 소재지입니다. 따라서 동일한 법인번호를 가진 법인이라면, 사업장이 여러 곳이거나 사업자번호가 각각 다르더라도 각 사업장별로 법인세를 나누어 납부하는 것이 아니라 본점 관할 세무서에 법인 전체의 소득을 합산하여 신고하고 납부해야 합니다.
다만, 부가가치세의 경우 사업자 단위 과세사업자로 등록하거나 주사업장 총괄납부를 신청한 경우가 아니라면 각 사업장별로 신고·납부하는 것이 원칙이며, 법인지방소득세는 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우 각 사업장 소재지별로 안분하여 신고·납부해야 하므로 주의가 필요합니다.